I 1964 gik W39AA, en oversætter af WBGU-TV i Bowling Green, Ohio, i luften på kanal 39. Før 1974 havde Fort Wayne været det eneste område i Indiana uden adgang til PBS-programmer, selv på kabel (det var almindelig praksis for PBS at tilbyde programmer til kommercielle stationer på markeder uden PBS-medlemsstationer, men der er endnu ikke fremkommet beviser for, at netværkets programmer blev transmitteret i Fort Wayne); W39AA’s dækning var generelt begrænset til det umiddelbare Fort Wayne-område, da dens dækning ikke var kraftig nok til at dække hele markedet. Denne lavtydende repeaterstation var blot en stedfortræder, da kanal 39 blev tildelt som en fuldtydende uddannelseskanal i Fort Wayne. I begyndelsen af 1980’erne blev stationen en oversætter af Indianapolis’ PBS-station WFYI.

Den 12. marts 1985 fik en lokal offentlig tv-gruppe tildelt kanal 39-stikket fra FCC og gav stationen licens til WFWA-kaldeteksterne; WFWA gik i luften den 5. december 1986, hvilket gav det nordøstlige Indiana sin egen PBS-station for første gang nogensinde.

I 2003 blev WFWA den første tv-station på Fort Wayne-markedet til at udsende et digitalt signal og sendte oprindeligt det nationale PBS HDTV-feed på en separat underkanal fra den almindelige programmering; finansieringsproblemer ville senere medføre, at det nationale HD-feed blev trukket tilbage, så al programmering var i standardopløsning i flere år. Det blev annonceret, at WFWA’s hovedkanal 39.1 ville sende i HD på fuld tid på et tidspunkt i løbet af sommeren 2010. Under en løftepause i sommeren 2010 meddelte general manager Bruce Haines, at ændringen ville ske den 4. juli 2010 kl. 19.30. På grund af fremskridt inden for videokomprimering var stationen i stand til at opgradere sin hovedkanal til HD uden at ofre videokvaliteten på de tre andre SD-underkanaler.

I maj 2013 annoncerede stationen en fundraisingkampagne for at opgradere sin infrastruktur i løbet af de næste tre år, herunder en signalforstærkning, køb af fjernproduktionsudstyr og forbedringer af stationens hovedkontrol.