Penis er det mandlige kopulationsorgan og består af rod, krop og glans (Fig. 8-19). Penisens crura er dannet af to corpora cavernosa, og pæren, som er den kaudale udvidelse af corpus spongiosum, udgør penisroden. Penisens crura er fastgjort ved iskiasbuen og er dækket af m. ischiocavernosus, mens penisens pære er dækket af m. bulbospongiosum (fig. 8-19). Peniskroppen er placeret mellem roden og glans. Hos musen har penislegemet en bøjning, der bevirker, at penisens glans er rettet caudalt, når den ikke er rejst. Under erektion er glansens retning omvendt (fig. 8-19). Peniskroppen består af et enkelt corpus cavernosum og corpus spongiosum, som omslutter urinrøret. Corpus cavernosum har to riller, en dorsal rille, som indeholder blodkarrene i penis, og en ventral rille, hvor corpus spongiosum findes (Fig. 8-20). Både corpus cavernosum og corpus spongiosum er dannet af vaskulære hulrum, der er omgivet af bindevæv (fig. 8-20 og 8-26). Det tredimensionelle arrangement af kollagenfibrene i corpus cavernosums trabekulae varierer afhængigt af det undersøgte område og kan let iagttages ved hjælp af polariseret lys (Fig. 8-20).