Med hensyn til sygdomme kan man sige, at middelalderen begynder med pesten i 542 og slutter med den sorte død (byldepest) i 1348. Sygdomme i epidemisk omfang var bl.a. spedalskhed, byldepest, kopper, tuberkulose, fnat, erysipelas, miltbrand, trachom, svedesyge og dansemani (se infektion). Isolering af personer med smitsomme sygdomme opstod først som reaktion på spedalskhedens spredning. Denne sygdom blev et alvorligt problem i middelalderen og især i det 13. og 14. århundrede.

Den sorte død, et udbrud af pest, nåede Middelhavets havne i Sydeuropa i 1347 og fejede i løbet af tre år over hele Europa. Den vigtigste metode til bekæmpelse af pest var at isolere kendte eller formodede tilfælde samt personer, der havde været i kontakt med dem. Isolationsperioden var i begyndelsen ca. 14 dage og blev gradvist forlænget til 40 dage. Opskrækket af den sorte død skabte de offentlige embedsmænd et system til sanitær kontrol for at bekæmpe smitsomme sygdomme ved hjælp af observationsstationer, isoleringshospitaler og desinfektionsprocedurer. De vigtigste bestræbelser på at forbedre de sanitære forhold omfattede udvikling af ren vandforsyning, bortskaffelse af affald og spildevand samt fødevarekontrol. Disse bestræbelser var især vigtige i byerne, hvor folk levede overfyldt på landlig vis med mange dyr omkring deres hjem.

I løbet af middelalderen blev der taget en række første skridt inden for folkesundheden: forsøg på at klare de uhygiejniske forhold i byerne og ved hjælp af karantæne begrænse spredningen af sygdomme, oprettelse af hospitaler og tilvejebringelse af lægehjælp og social bistand.