I 1988 mødte Brennaman og Nuxhall op for National League-præsident Bart Giamatti på NL-kontoret i New York City i forbindelse med beskyldninger om, at Brennaman havde tilskyndet publikum til at forsinke spillet efter et skænderi mellem Reds-manager Pete Rose og dommer Dave Pallone. Efter at Rose var blevet smidt ud af kampen, og Brennaman havde kritiseret Pallone under den direkte radioudsendelse, strøede fans affald på banen, hvilket førte til en forsinkelse af kampen. Brennaman havde dette at sige om hændelsen:

“Jeg fastholder stadig, at vi havde ret”, sagde Brennaman. “Jeg vil aldrig undskylde for det. De beskyldte os for at opildne til optøjer. Det tror jeg ikke, at vi gjorde dengang, og det tror jeg heller ikke, at vi gjorde nu.”

Den 12. juni 2007 undskyldte Brennaman sig i radioen under udsendelsen på Cincinnati Reds Radio Network for en kommentar, han for nylig havde fremsat, hvor han sammenlignede en kommende roadtrip med Bataan Death March. Reds, der på det tidspunkt havde den dårligste rekord i National League, skulle møde Oakland Athletics, Seattle Mariners og Philadelphia Phillies på turen.

Den 17. april 2008 fremsatte Brennaman under toppen af ottende inning i en kamp mellem Chicago Cubs og Cincinnati Reds på Wrigley Field i Chicago kommentarer om Cubs-fans og Cubs-holdet. Dette skete, efter at den daværende Reds-spiller Adam Dunn havde scoret et homerun. Cubs-fans plejer at kaste modspillerens bold tilbage på banen. I dette tilfælde var banen oversået med flere bolde, som fansene havde kastet ind på banen, hvilket resulterede i en forsinkelse af kampen, mens banenholdet samlede affaldet op. Brennamans udtalelser blev sendt over Reds Radio Network, der transmitterede kampen.

“Det er den slags ting, helt ærligt, lige nu, der gør, at man har lyst til at se Chicago Cubs holdet tabe. Blandt alle baseballfans, og jeg kan ikke bevidne det for Yankees eller Red Sox, for vi ser dem ikke med nogen grad af regelmæssighed, medmindre det er interleague-spil, men langt hen ad vejen de mest modbydelige fans i baseball, i denne liga, er dem, der følger dette hold lige her. At kaste 15 eller 18 bolde på banen, det er der absolut ingen undskyldning for, og det er så typisk for Chicago Cubs-fans. Det er utroligt.”
“Man hepper simpelthen imod dem. Jeg har sagt hele vinteren, at de har talt om, at det her hold skulle vinde divisionen, og min kommentar er, at de ikke vinder den, for når alt kommer til alt, er de stadig Chicago Cubs, og de vil finde en måde at ødelægge det hele på.”

Den 18. april 2008 optrådte Brennaman i et interview på Chicagos sportsradiostation WMVP-AM 1000, hvor han forstærkede sin holdning til Cubs-fans og sammenlignede Chicago Cubs-fans med rivaliserende St. Louis Cardinals-fans.

“Hvis de ikke kan forstå, at det, der skete onsdag aften, var fuldstændig overdrevet, så er jeg ked af det”, sagde Brennaman. “Jeg sagde, hvor hårdt det er at heppe på Cubs. Jeg tror, at mange mennesker har det på samme måde som mig, men de vil ikke formulere det. Jeg er ikke bange for at sige, hvad jeg mener.”
” Cardinals-fans er uden sammenligning de bedste i baseball. De respekterer spillet. De går ikke til kampen for at gøre dumme ting.”
“Cubs har nogle fantastiske baseballfans. Men dem, der opfører sig som idioter, (ødelægger) det for folk som mig.”

Den 5. februar 2010 blev Brennaman irettesat for at kommentere, at Marshall Universitys præsident må være “queer” for softball ved universitetets baseballbanket og fundraiser. Brennaman udtalte: “Jeg kunne nok have valgt bedre ord, men det afspejler på ingen måde min mening om homoseksuelle overhovedet. Det er bare en kommentar, jeg kom med om universitetets præsident.”