I årene under Anden Verdenskrig oplevede det amerikanske militær en hurtig udvidelse af sit system af militærbaser, da antallet af unge mænd steg voldsomt gennem indskrivning og værnepligt. Mange af disse omfattede tidligere collegestjerner og professionelle stjerner fra fodboldbanen. Omkring 19 aktive eller tidligere spillere fra National Football League skulle i sidste ende dø i den amerikanske krigsindsats, foruden et utalligt antal tidligere collegespillere.

Frigt i krigsindsatsen sagde en fodboldskribent om anvendeligheden af dannelsen af fodboldhold med militær træning:

Fodbold er en kropsstrammer. Fodbold tænder den kæmpende gnist i de kæmpende mænd. Den udvikler aggressivitet, holdarbejde, udholdenhed, fysisk og mental koordination under aktiv stress, og derfor indtager den en fremtrædende plads i vores nationale krigstræningsprogram. Hold i hundredvis af hold er i formationer i forskellige lejre og stillinger i hæren og på flådebaser. Den største deltagelse i sportens historie vil blive registreret i 1942.

Da krigsministeriet begyndte i efteråret 1942 at fremme organiserede fodboldopvisninger med deltagelse af udvalgte hold fra sine militærbaser, der spillede fulde skemaer mod de regionale universiteters udtømte hold. Disse elitehold er medtaget i den følgende liste.

Disse blev yderligere opdelt i militære All-Star-hold, som spillede mod college- og professionelle modstandere. I 1942 udnævnte den amerikanske hær to “All-Army-hold” med ca. 60 spillere pr. enhed, der var placeret i øst og vest. De blev uformelt kaldt “Million Dollar-holdene” – deres formål var at indsamle op mod 1 million dollars til hærens nødhjælpsfond gennem en række opvisningskampe mod de professionelle hold i National Football League. Eastern Army All-Star-holdet blev ledet af oberstløjtnant Robert R. Neyland og spillede i september 1942 kampe mod New York Giants, Brooklyn Dodgers og Chicago Bears. Western All-Stars-holdet, der blev trænet af major Wallace Wade fra Duke University, spillede fra slutningen af august 1942 kampe mod Washington Redskins, Chicago Cardinals, Detroit Lions, Green Bay Packers og Giants. Ved afslutningen af opvisningskampene havde de indsamlet 241.392,29 dollars til fonden.

Men da krigen var slut, var forskellige tjenestehold blevet trænet af legender som Bernie Bierman (Iowa Pre-Flight Seahawks), Paul Brown (Great Lakes Navy Bluejackets), Don Faurot (Iowa Pre-Flight Seahawks og Jacksonville Naval Air Station Flyers), Tony Hinkle (Great Lakes Navy Bluejackets), Jack Meagher (Iowa Pre-Flight Seahawks) og Joe Verducci (Alameda Coast Guard Sea Lions) – foruden de førnævnte Neyland og Wade.

Selv med Japans kapitulation den 2. september 1945 var tiderne dog stadig i et vist omfang usikre, idet de allierede besættelsesstyrker stod over for mulige pacificeringskampagner i de besejrede akselande, for ikke at nævne de stadig mere anstrengte relationer til Sovjetunionen. Som følge heraf forblev en stor del af det amerikanske krigsapparat intakt, i det mindste i begyndelsen, i fredstid – herunder mange tjenestefodboldhold.

Louisiana State Fair, som normalt sponsorerede en række collegefodboldkampe som en del af sin årlige State Fair Classic, befandt sig i perioder under krigen uden sine faste værtsskoler, da de var tvunget til at droppe deres fodboldprogrammer. De lokalt baserede Barksdale Field Sky Raiders blev inviteret til at spille i to af klassikerens kampe i oktober, en mod Selman Army Airfield Cyclones og en mod Lake Charles Army Airfield Flying Tigers; Camp Swift Dragons endte med at træde ind i stedet for Lake Charles Army Airfield. I messen “Negro Day”-kampen spillede Wiley College mod Randolph Field Black Ramblers (det afroamerikanske modstykke til Randolph Field Ramblers). Barksdale Field havde også tidligere deltaget i klassikeren i 1934 mod Texas Military College.

Selv militærakademierne stod stærkt frem til 1945, hvor Army og Navy’s årlige kamp var med de to bedste hold i AP Poll i 1945, og kampen blev erklæret for “Århundredets kamp”, og præsident Harry S. Truman selv deltog i den. Army’s Doc Blanchard vandt endda Heisman Trophy det år.

Da de fleste amerikanske soldater ikke mødte nogen nævneværdig modstand i de besatte lande i løbet af det følgende år (bortset fra nogle få, isolerede forsøg på sabotage fra Edelweiss-pirater eller japanske udbrydere), blev de fleste amerikanske soldater hurtigt udskrevet, og de amerikanske fodboldhold forlod dem stort set sammen med dem. Truman udstedte proklamation 2714, som formelt afsluttede krigen den 31. december 1946.

En bemærkelsesværdig kamp efter krigen (som måske har været et eksempel på, hvor langt de få tilbageværende tjenestehold var faldet siden Iowa Pre-Flights magiske løb som nr. 2 i AP Poll i 1943), hvor Central State University of Ohio mødte Wright Field Kittyhawks; på trods af at det var CSU’s første sæson som en ny fireårig institution i 1947, vandt CSU alligevel kampen med en forbløffende score på 101-0.