Klassifikationen af de semitiske sprog er stadig genstand for debat. I vurderingen af et sprogs slægtskab med et andet sprog tillægges de oplysninger, der leveres af en fælles innovation, større vægt end de oplysninger, der stammer fra en fælles arkaisme. Det kan imidlertid være problematisk at afgøre, om et træk er en innovation eller en arkaisme, fordi det afhænger af en forståelse af forløberen for de sprog, der skal sammenlignes. Dette kan være en relativt ukompliceret proces, når analysen omfatter et velattesteret forløbersprog, men bliver vanskeligere, når den er afhængig af rekonstruktionen af et protosprog – den hypotetiske forfader til et sæt beslægtede sprog. Mange aspekter af protosprog postuleres på grundlag af en omhyggelig sammenligning af træk ved de kendte efterkommersprog og er således afledte snarere end diagnostiske i deres natur.

Med hensyn til struktur er forskerne stort set enige om de vigtigste klynger: Akkadisk; den nordvestsemitiske gruppe, der omfatter de kana’anæiske og aramæiske grupper sammen med ugaritisk og amoritisk; arabisk; de gamle sydarabiske sprog; de moderne sydarabiske sprog (der ikke nedstammer fra den gamle sydarabiske gruppe); og etiopisk. Nogle mener, at der findes en sydsemitisk gruppe bestående af moderne sydarabisk og etiopisk (samt muligvis arabisk og gammelt sydarabisk). Placeringen af eblaitisk, som deler træk med både akkadisk og de nordvestsemitiske sprog, er fortsat omdiskuteret.

Denne opdeling danner rammen for diskussioner om de genetiske relationer mellem de semitiske sprog. Akkadisk skiller sig tydeligvis ret tidligt af fra de øvrige sprog og danner en østsemitisk gren, der adskiller sig fra de resterende vestsemitiske sprog. Inden for de vestsemitiske sprog ligger et kritisk problem i arabernes placering i forhold til de andre vestsemitiske grupper: mens det arabiske verbums struktur i mange henseender afspejler de nordvestsemitiske sprogs struktur, synes arabisk i sit lydsystem og sine orddannelsesprocesser at være mere beslægtet med de etiopiske og moderne sydarabiske grupper. Mange forskere forbinder arabisk med den nordvestsemitiske gruppe for at danne en centralsemitisk gren; andre vælger at betragte arabisk som en separat gren eller en gren inden for den sydsemitiske gruppe.

I modsætning til de andre semitiske sprog anvender arabisk, etiopisk og den gamle og moderne sydarabiske gruppe regelmæssigt “brudte” stamme-mønstre til at danne flertalsubstantiver (se nedenfor navneord og adjektiver). Da det imidlertid er sandsynligt, at brudte flertalsformer i en eller anden grad allerede var et træk ved det forfædres semitiske sprog, kan tilstedeværelsen af sådanne flertalsstrukturer ikke bruges som bevis for en særlig tæt genetisk forbindelse mellem disse fire grupper. Noget stærkere støtte for en separat sydsemitisk gren kan ses i sådanne træk som f, der har udviklet sig i arabisk, etiopisk og de moderne sydarabiske sprog fra det tidlige semitiske *p (symbolet * angiver oplysninger, der stammer fra sproglig rekonstruktion snarere end fra direkte attestering).

Den form, som den nuværende imperfektive verbestamme antager i de forskellige sprog, er blevet almindeligt anvendt som et diagnostisk træk ved klassificering af de semitiske sprog (se nedenfor Verbal bøjning). Hvis, som det er blevet almindeligt accepteret, den form for verbalbøjning, der findes i både arabisk og de nordvestsemitiske sprog, repræsenterer en innovativ udvikling, der er fælles for disse sprog, vil dette træk give værdifuld støtte til teorien om en mellemliggende centralsemitisk gren.