Clausen meddelte den 7. december 2009, at han havde til hensigt at deltage i NFL Draft 2010. Clausen blev forventet at være en af de bedste quarterbacks til rådighed i udkastet sammen med den tidligere Heisman Trophy-vinder Sam Bradford. Han blev af mange anset for at være et top-10 valg. Overraskende nok blev han dog ikke valgt i første runde af draften, idet Bradford og Floridas Tim Tebow blev valgt før ham. Han blev valgt af Carolina Panthers med det 16. valg i 2. runde (48. samlede valg). Analytikere tilskrev hans glidning til hans kæphøje opførsel og hans “persnickety smørrethed”.”

Carolina PanthersRediger

Den 28. juli 2010 underskrev Clausen en fireårig, 4-årig kontrakt på 4 dollars.2 millioner dollars kontrakt med Panthers, som inkluderer 2,53 millioner dollars i garantier.Clausen fik sin NFL-debut i et nederlag mod New York Giants i sæsonåbneren i 2010, efter at den startende quarterback Matt Moore var sat ud af spillet med en hjernerystelse. Efter dårligt spil af Matt Moore i en kamp mod Buccaneers i uge 2 tog Clausen over i slutningen af kampen. Han afsluttede 7 ud af 13 afleveringer for 59 yards og en interception og en fumbled snap, og han førte et 17-spillende drive, der blev stoppet inden for 5-yard linjen. Ugen efter startede Clausen sin første NFL-kamp mod Bengals, hvor han afsluttede 16 ud af 33 afleveringer for 188 yards og en interception og tre fumbled snaps, hvoraf han tabte to. Under kampen fangede tv-kameraerne wide receiver Steve Smith, der gik over til Clausen, som talte med en assistenttræner, og råbte ad rookien. Smith gik væk, men vendte tilbage og sagde noget andet, inden han blev eskorteret væk af tight end Jeff King. På det tidspunkt kastede Smith en kop Gatorade ned. Hændelsen blev senere nedtonet af Smith. Det var anden gang, at der havde været kommunikationsproblemer mellem Smith og Clausen. Den 6. maj 2010 stod der i en rapport på hjemmesiden “Pro Football Talk”, at “Steve Smith ‘dybest set synes, at Jimmy er et fjols’.” Hjemmesiden rapporterede senere, at Smith sendte en sms til Clausen om, at rapporten var “B.S.”. I Clausens 2. NFL-start (en kamp i uge 4 mod New Orleans Saints) gik Clausen 11 ud af 21 for 146 yards og gennemførte sin 1. NFL touchdown-passning til RB Jonathan Stewart.

Efter blot tre NFL-starts og efter at være blevet trukket i uge 5 blev Clausen sat på bænken efter at have gennemført 47 procent af sine afleveringer med én touchdown og tre interceptions. Clausen fumlede også syv gange, tabte to, og havde en passer rating på 52,2. Clausen sluttede 2010-sæsonen med 157 afslutninger ud af 299 forsøg (52,5 %), 1.558 yards med 3 touchdowns og 9 interceptions. Han blev sacked 33 gange og fumbled 9 gange, hvoraf han mistede to.

I 2011 brugte Panthers deres første samlede draftvalg til at vælge Cam Newton fra Auburn. Efter en preseason-konkurrence på fire kampe besluttede Panthers trænere, at Newton ville blive udnævnt til starter i NFL-sæsonen 2011. Clausen havde ingen forbedring i forhold til sin præstation i den regulære sæson 2010 i 2011 preseason, hvor han sluttede 24/46 passing (52,2 %) og 260 yards og et gennemsnit på 5,70 med 1 touchdown og 2 interceptions og blev sacked 7 gange i 53 dropbacks og havde en quarterback rating på 58,2, svarende til hans præstation i den regulære sæson 2010. Panthers skrev også veteranen QB Derek Anderson under med holdet. Clausen blev derefter degraderet til third string.

I pre-season 2012 var Clausen 19 ud af 37 (51,4 %) 252 yards og to touchdowns, og ligesom i 2011 kom han aldrig på banen i den regulære sæson. 31. august 2013 Waived Panthers en skadet Clausen. Han passerede uopkrævet gennem waivers og endte på Panthers’ liste over skadede reserver.

Chicago BearsRediger

Clausen i 2014.

Clausen blev signet af Chicago Bears den 5. juni 2014. I løbet af preseason konkurrerede han med Jordan Palmer om second string-pladsen; Clausen vandt i sidste ende jobbet.

Den 17. december annoncerede Marc Trestman, at Clausen ville overtage den startende quarterback-position fra Jay Cutler. Clausen afsluttede 26 ud af 48 afleveringer for 181 yards, to touchdowns, en interception og en passer rating på 77 i et nederlag på 20-14 til Detroit Lions. I løbet af kampens fjerde quarter kolliderede Ezekiel Ansah med Clausen i et hjelm-mod-hjelm sammenstød. Ansah blev straffet og senere idømt en bøde, mens Clausen senere blev diagnosticeret med en hjernerystelse. Han afgav sin startopstilling til Cutler, som spillede i Bears’ sæsonfinale.

Den 6. marts 2015 genindtrådte Clausen på en etårig aftale. Han startede sæsonens tredje kamp mod Seattle Seahawks, afsluttede 9 ud af 17 afleveringer for 63 yards, og inklusive sacks noterede han sig for 48 netto passing yards, hvilket var anden gang siden 1990-sæsonen, at Bears havde mindre end 50 netto passing yards, da de tabte 26-0.

Den 23. november 2015 blev han waived.

Baltimore RavensRediger

Den 24. november 2015 blev Clausen taget fra waivers af Baltimore Ravens.

Den 13. december 2015 startede Clausen mod Seattle Seahawks, hvor han erstattede den skadede Matt Schaub, der igen erstattede den skadede Joe Flacco. Clausen afsluttede 23 ud af 40 afleveringer for 274 yards, ingen touchdowns og en interception i et 35-6 nederlag. Han startede også i en kamp den 20. december mod Kansas City Chiefs; han afsluttede 26 ud af 45 afleveringer for 281 yards, med to touchdowns og to interceptions, i nederlaget på 34-14. Clausen blev derefter sat på bænken til fordel for Ryan Mallett, som førte Ravens til en 20-17 overraskende sejr over rivalen Pittsburgh Steelers ugen efter.

KarrierestatistikRediger