Domæner er forskellige funktionelle og/eller strukturelle enheder i et protein. Normalt er de ansvarlige for en bestemt funktion eller interaktion og bidrager til et proteins overordnede rolle. Domæner kan eksistere i en række forskellige biologiske sammenhænge, hvor lignende domæner kan findes i proteiner med forskellige funktioner.

For eksempel er Src homology 3 (SH3)-domæner (SH3) små domæner på omkring 50 aminosyrerester, der er involveret i protein-protein-interaktioner. SH3-domæner har en karakteristisk 3D-struktur (figur 4). De forekommer i en bred vifte af proteiner med forskellige funktioner, herunder adaptorproteiner, fosfatidylinositol 3-kinaser, fosfolipaser og myosiner.

Et eksempel på et protein, der indeholder flere SH3-domæner, er det cytoplasmatiske protein Nck. Nck tilhører adaptorfamilien af proteiner, og det er involveret i transduktion af signaler fra vækstfaktorreceptortyrosinkinaser til nedstrøms signalmodtagere. Domænesammensætningen af Nck er illustreret i figur 5.

Som vi netop har set med Nck, kan proteiner være sammensat af flere domæner. Ofte har de enkelte domæner specifikke funktioner, såsom at binde et bestemt molekyle eller katalysere en given reaktion, og tilsammen bidrager disse til proteinets overordnede rolle (se f.eks. domænesammensætningen af enzymet fosfolipase D1 i figur 6 nedenfor).

Proteinet indeholder et PX (phox) domæne, der er involveret i at binde fosfatidylinositol, et PH (pleckstrin homology) domæne, der har en rolle i at målrette enzymet til bestemte steder i cellen, og to PLD (phospholipase D) domæner, der er ansvarlige for proteinets katalytiske aktivitet.