I slutningen af juli 1898 ankom 13.000 amerikanske frivillige og 2.000 regulære tropper for at overtage kontrollen over Filippinerne fra spanierne som en del af den spansk-amerikanske krig. Sammen med den filippinske revolutionshær, der var på omkring 13.000, stod de over for 13.000 spaniere i Manila. Amerikanerne og filippinerne havde det fælles mål at besejre Spanien, men efterfølgende ønskede filippinerne uafhængighed, mens USA ønskede Filippinerne som et territorium. Det var en forskel, der nødvendigvis ville føre til konflikt.

Den spanske guvernør i Manila indså, at hans situation var håbløs, men ønskede at yde i det mindste symbolsk modstand for ærens skyld og for at undgå en krigsret derhjemme. Han frygtede også, at filippinske oprørere ville massakrere hans tropper. Amerikanerne ønskede også at undgå en massakre og at nægte oprørerne den politiske legitimitet, som de ville få ved at indtage byen. Så de indgik en hemmelig aftale: Spanierne ville yde minimal modstand, hvis amerikanerne lovede at holde filippinerne ude. Den 13. august, efter et kort slag, hvor 17 amerikanske soldater blev dræbt og 105 såret, besatte amerikanske soldater Manila og lukkede filippinerne ude.

I henhold til Paristraktaten blev Filippinerne et territorium under USA, ikke et uafhængigt land. Det amerikanske senat skulle stadig ratificere traktaten, men filippinerne ventede ikke på at se, hvad der ville ske. De oprettede en republik med hovedstad i Malolos og forberedte sig på at modstå ethvert amerikansk forsøg på at håndhæve traktaten. Mens soldater på begge sider ventede spændt, blev forholdet mellem de allierede forværret, og håndgemæng blev almindeligt. Det var kun et spørgsmål om tid, før volden brød ud i fuld skala.

Natten til den 4. februar 1899 udvekslede filippinske og amerikanske patruljer skud nær en omstridt landsby. Skuddene spredte sig hurtigt, og ved daggry indledte amerikanerne et angreb. Den dag i dag ved ingen, hvem der affyrede det første skud, men krigen var i gang.

I Washington ratificerede senatet med nød og næppe Paris-traktaten den 6. februar. Efter formelt at have købt Filippinerne af Spanien erklærede USA sin nye besiddelse for at være i oprørstilstand.

Den nationalistiske befrielseshær i Filippinerne havde 40.000 soldater plus lokal milits, men manglede træning, disciplin og udstyr. De led også under en inkompetent og uerfaren ledelse. De amerikanske tropper talte mindre end 20.000 mand, hvoraf de fleste var statslige frivillige, som forventede at tage hjem nu, hvor krigen med Spanien var slut. Ikke desto mindre kæmpede de frivillige godt, og i slutningen af februar havde de fordrevet den filippinske hær fra Manila ved at knuse et oprør i selve byen. I slutningen af marts havde de erobret Malolos og påført de filippinske styrker en række skarpe nederlag.

Feltoget aftog i løbet af sommeren 1899. Den lille amerikanske styrke havde svært ved at operere langt fra deres base i Manila. Sygdom og træthed reducerede nogle regimenter med 60 procent. Da monsun-sæsonen ramte, kom hæren under politisk pres for at sende de statslige frivillige hjem.

Kongressen reagerede ved at give tilladelse til en styrke af frivillige til filippinsk tjeneste. I modsætning til de statslige frivillige fra 1898 blev disse enheder organiseret af den føderale regering. I september 1899 begyndte de nye amerikanske frivillige regimenter sammen med yderligere enheder af regulære soldater at ankomme. Med afgangen af de statslige frivillige stod USA tilbage med en effektiv styrke på lige under 27.000 mand. De frivillige pressede angrebet og ødelagde en stor del af den nationalistiske hær, mens resten blev spredt. Nationalisterne svarede ved at gå over til guerillakrig.

Den ændrede taktik virkede til deres fordel. Terrænet, der bestod af en labyrint af rismarker, bjerge og jungle, som kun var gennemboret af ujævne stier og nogle få primitive veje, gav de filippinske guerillaer mange fordele i forhold til amerikanerne, som kæmpede med den ukendte geografi og det barske klima.

Nationalisterne reorganiserede sig i regionale kommandoer, komplet med en “skyggeregering”, for at føre en krig med bagholdsangreb, razziaer og overraskelsesangreb, der skulle holde amerikanerne ud af balance. Guerillaerne forklædte sig som ikke-krigere, blandede sig med civile og brugte en kombination af velgørenhed og terror for at sikre sig støtte fra lokalbefolkningen. Nationalisterne søgte at svække amerikanernes kampvilje og opnå en politisk snarere end militær sejr.

USA delte også sine tropper op og gav regionale kommandoer ansvaret for at pacificere et bestemt område. Tropperne bemandede hundredvis af små poster i eller nær byerne, som tjente tre formål: at beskytte befolkningen mod guerillaens intimidering, at forstyrre befolkningens evne til at levere mad og rekrutter til guerillaen og at skabe baser for patruljer og togter i bushen med små enheder på jagt efter fjenden. Opdelingen af tropperne skabte problemer med forsyninger, moral, kommando og kontrol. Sygdom og træthed truede med at underminere effektiviteten af mange små garnisoner. Ikke desto mindre holdt strategien guerillaerne på flugt og nedslog deres evne til at kæmpe.

President McKinley beordrede tropperne til at “vinde Filippinernes indbyggeres tillid, respekt og beundring”, så de amerikanske styrker arbejdede også på at genoprette det civile samfund ved at bygge skoler og veje, renovere markeder, forbedre sundhed og sanitet og tilbyde amnesti til guerillaerne. De genetablerede de offentlige tjenester og overdrog gradvist den politiske kontrol til filippinerne. På trods af disse fremskridt varede kampene endnu et helt år. Den nye øverstbefalende, general Arthur MacArthur, tillod større brug af fængsling, deportation, henrettelse og konfiskation og/eller ødelæggelse af ejendom for at straffe guerillaer.

Disse strengere foranstaltninger, sammen med det fortsatte løfte om retfærdig behandling og repræsentativ regering, knækkede i sidste ende ryggen på modstandsbevægelsen. De sidste større revolutionære kommandanter overgav sig i foråret 1902, og den 4. juli erklærede USA officielt oprøret for afsluttet.

I sin officielle rapport konkluderede krigsminister Elihu Root, at “det er tydeligt, at oprøret er blevet bragt til ophør, både ved at gøre en krig lidelsesfuld og håbløs på den ene side og ved at gøre fred attraktiv.”

I alt gjorde over 126.000 regulære og frivillige soldater tjeneste i Filippinerne mellem 1899 og 1902. Af disse døde 1.000 i kamp eller af sår, som de fik i kamp, yderligere 3.000 døde af sygdom og andre årsager, og næsten yderligere 3.000 blev såret.