Houston by stabiliserede bygningens ydre, og medlemmer af Houston Aviation Alliance arbejdede for at redde terminalen. I 1998 blev Houston Aeronautical Heritage Society (HAHS), en nonprofitorganisation, dannet primært for at redde den truede terminalbygning. HAHS erkendte, at finansieringen og renoveringen skal gennemføres i faser, og udarbejdede en plan for at restaurere bygningen over tid. I slutningen af 2003 afsluttede HAHS’s entreprenører asbest- og blybekæmpelsen i terminalens nordlige fløj. I forbindelse med afrensningsprocessen blev den oprindelige puds fjernet fra de indvendige vægge, men terminalens ikke-bærende flisevægge blev efterladt intakte.

Den nordlige fløj af flyterminalen blev åbnet for offentligheden i februar 2004 som den første fase af museet. Den restaurerede nordlige fløj af terminalen rummede museets samling og gavebutik og fungerede som museets base, mens indsamlingen af midler og restaureringen af resten af bygningen blev afsluttet.

Resten af bygningen afsluttede asbestsaneringen i maj 2008 og afsluttede genopbygningen af atrium og mezzanin i februar 2009. Hele den nederste etage vil blive restaureret til sin oprindelige tilstand, når midlerne tillader det. Museet vil sprede sig ud og indtage hele første sal i terminalbygningen og derefter påbegynde renoveringen af de øverste etager.

Det amerikanske institut for luftfart & Astronautik (AIAA) har udpeget 1940 Air Terminal Museum som et historisk luft- og rumfartssted. 1940 Air Terminal er AIAA’s 35. luft- og rumfartssted, der er anerkendt som et sjældent eksempel på klassisk art deco-arkitektur i en lufthavn. I februar 2010 blev Houston Aeronautical Heritage Society tildelt en Good Brick Award for fremragende bevaringsarbejde for 1940 Air Terminal Museum. Good Brick Awards uddeles årligt af Greater Houston Preservation Alliance. I 2008 erklærede Houston Press terminalen for “Best Piece of Aviation History”.

I 2008 fik HAHS en licens til den ældste hangar på Hobby Airports område, en Great Silver Fleet Maintenance Hangar fra 1929. Organisationen vil bruge denne hangar til at udstille større udstillingsgenstande fra samlingen, f.eks. to simulatorer, og HAHS’s flysamling, som omfatter en Lockheed Lodestar executive businessliner fra 1943 og en S-58 Sikorsky-helikopter, der var udstyret til civile tunge løft.