Flodhestes forfædre er noget af en gåde. I lang tid troede palæontologerne, at disse halvvandsdyr med deres usædvanlige morfologi (hjørnetænder og fortænder med kontinuerlig vækst, primitivt kranium og trifoliat-tandslidsmønster) var beslægtet med Suidae-familien, som omfatter svin og pekkariefugle. Men i 1990’erne og 2000’erne viste DNA-sammenligninger, at flodhestens nærmeste nulevende slægtninge var hvaler (hvaler, delfiner osv.), hvilket var i modstrid med de fleste palæontologiske fortolkninger. Desuden hindrede manglen på fossiler i betydelig grad forsøgene på at afdække sandheden om flodhestens evolution.

Nyt palæontologisk arbejde udført af en gruppe franske og kenyanske forskere har nu afsløret, at flodheste ikke er beslægtede med suoiderne, men i stedet nedstammer fra en anden, nu uddød gruppe. De nye fossiler, der er blevet undersøgt, har gjort det muligt at opbygge det første evolutionære scenarie, der er foreneligt med både genetiske og palæontologiske data. Ved at analysere en halv kæbe og flere tænder, der er fundet i Lokone (i Turkana-søen i Kenya), har det fransk-kenyanske hold beskrevet en ny fossil art (tilhørende en ny slægt (2)), der dateres til ca. 28 millioner år tilbage i tiden. De kaldte den Epirigenys lokonensis, efter ordet “Epiri”, der betyder flodhest på Turkana-sproget, og efter fundstedet, Lokone.

Ved at sammenligne de fossile tænders karakteristika med dem fra drøvtyggere, suoider, flodheste og fossile anthracotheres (en uddød familie af hovdyr) rekonstruerede forskerne forholdet mellem disse grupper. Resultaterne viser, at Epirigenys udgør en slags evolutionær overgang mellem den ældste kendte flodhest i de fossile optegnelser (for ca. 20 millioner år siden) og en slægt af anthracothere. Denne placering i livstræet er forenelig med de genetiske data, hvilket bekræfter, at hvalerne er flodhestenes nærmeste nulevende fætre.

Denne slags opdagelser vil måske en dag gøre det muligt for forskerne at tegne et billede af hvalernes og flodhestenes fælles forfader. Analysen af Epirigenys (28 millioner år gammel) har nemlig knyttet de nuværende flodheste til en slægt af anthracotherer, hvoraf de ældste stammer fra ca. 40 millioner år tilbage. Indtil nu har flodhestes tidligste kendte forfader imidlertid været omkring 20 millioner år gammel, mens de første fossiler af hvaler er 53 millioner år gamle. Tidskløften mellem nutidens flodheste og de ældste hvaler er således fyldt med næsten 75 % ifølge det nuværende scenarie.

Denne opdagelse viser desuden hele den afrikanske faunas historie i et nyt lys. Afrika var et isoleret kontinent fra ca. 110 til 18 millioner år siden. De fleste af de ikoniske afrikanske dyr (løver, leoparder, næsehorn, bøfler, giraffer, zebraer osv.) er relativt nyligt ankommet til kontinentet (de har været der i mindre end 20 millioner år). Indtil nu troede man, at det samme gjaldt flodheste, men opdagelsen af Epirigenys viser, at deres antracothere forfædre vandrede fra Asien til Afrika for ca. 35 millioner år siden.