Klasifikace semitských jazyků zůstává předmětem diskusí. Při hodnocení příbuznosti jednoho jazyka k druhému se přikládá větší váha informacím, které poskytuje společná inovace, než informacím odvozeným ze společného archaismu. Určení, zda se jedná o inovaci nebo archaismus, však může být problematické, protože závisí na znalosti předchůdce srovnávaných jazyků. Tento proces může být relativně jednoduchý, pokud analýza zahrnuje dobře doložený jazyk předchůdce, ale stává se obtížnějším, pokud se opírá o rekonstrukci protojazyka – hypotetického předka souboru příbuzných jazyků. Mnohé aspekty protojazyků jsou postulovány na základě pečlivého srovnání rysů známých potomních jazyků, a mají tedy spíše odvozený než diagnostický charakter.

Pokud jde o strukturu, vědci se do značné míry shodují na hlavních skupinách: Akkadština, severozápadní semitská skupina zahrnující kenaanskou a aramejskou skupinu spolu s ugaritštinou a amoritštinou, arabština, staré jihoarabské jazyky, moderní jihoarabské jazyky (nevzešlé ze staré jihoarabské skupiny) a etiopština. Někteří zastávají názor, že jihosemitská skupina se skládá z moderní jihoarabštiny a etiopštiny (případně také z arabštiny a staré jihoarabštiny). Postavení eblaitštiny, která má společné rysy s akkadštinou i severozápadními semitskými jazyky, zůstává předmětem diskusí.

Toto rozdělení poskytuje rámec pro diskuse o genetických vztazích mezi semitskými jazyky. Akkadština se zjevně poměrně brzy oddělila od ostatních jazyků a vytvořila východosemitskou větev odlišnou od zbývajících západosemitských jazyků. V rámci západosemitských jazyků spočívá jeden zásadní problém v postavení arabštiny vůči ostatním západosemitským skupinám: zatímco struktura arabského slovesa v mnoha ohledech odráží strukturu severozápadosemitských jazyků, ve zvukovém systému a slovotvorných procesech se arabština zdá být bližší etiopské a moderní jihoarabské skupině. Mnozí badatelé spojují arabštinu se severozápadní semitskou skupinou a vytvářejí tak centrální semitskou větev; jiní se rozhodli považovat arabštinu za samostatnou větev nebo větev v rámci jihosemitské skupiny.

Na rozdíl od ostatních semitských jazyků používají arabština, etiopština a staro- a moderní jihoarabská skupina pravidelně „zlomené“ kmenové vzory pro tvorbu pomnožných substantiv (viz níže Podstatná a přídavná jména). Protože je však pravděpodobné, že v té či oné míře byly lomené plurály již rysem prapůvodních semitských jazyků, nelze přítomnost takových plurálových struktur použít jako důkaz nějaké zvlášť úzké genetické souvislosti mezi těmito čtyřmi skupinami. Poněkud silnější oporu pro samostatnou jihosemitskou větev lze spatřovat v takových rysech, jako je f, které se v arabštině, etiopštině a moderních jihoarabských jazycích vyvinulo z raně semitského *p (symbol * označuje informace získané spíše lingvistickou rekonstrukcí než přímým dokladem).

Tvar, který v různých jazycích nabývá přítomný imperfektivní slovesný kmen, se začal široce používat jako diagnostický rys při klasifikaci semitských jazyků (viz níže Slovesné skloňování). Pokud, jak se stalo všeobecně přijímaným, forma slovesného skloňování vyskytující se jak v arabštině, tak v severozápadních semitských jazycích představuje inovativní vývoj společný těmto jazykům, poskytne tento rys cennou podporu pro teorii o přechodné středosemitské větvi.