Die Stadt Houston stabilisierte das Äußere des Gebäudes, und Mitglieder der Houston Aviation Alliance setzten sich für die Rettung des Terminals ein. 1998 wurde die Houston Aeronautical Heritage Society (HAHS), eine gemeinnützige Organisation, in erster Linie zur Rettung des bedrohten Terminalgebäudes gegründet. Die HAHS erkannte, dass die Finanzierung und Renovierung in Phasen erfolgen muss, und erstellte einen Plan zur schrittweisen Restaurierung des Gebäudes. Ende 2003 schlossen die Auftragnehmer von HAHS die Asbest- und Bleisanierung des Nordflügels des Terminals ab. Bei der Sanierung wurde der ursprüngliche Putz von den Innenwänden entfernt, wobei die nicht tragenden Ziegelwände des Terminals intakt blieben.

Der Nordflügel des Flughafens wurde im Februar 2004 als erste Phase des Museums für die Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Der restaurierte Nordflügel des Terminals beherbergte die Museumssammlung und den Souvenirladen und diente dem Museum als Betriebsbasis, während die Mittelbeschaffung und die Restaurierung des restlichen Gebäudes abgeschlossen wurden.

Der Rest des Gebäudes schloss die Asbestsanierung im Mai 2008 ab und beendete den Umbau des Atriums und des Zwischengeschosses im Februar 2009. Die gesamte untere Etage wird in ihren ursprünglichen Zustand zurückversetzt, sobald die Mittel es erlauben. Das Museum wird sich ausbreiten und die gesamte erste Etage des Terminalgebäudes belegen, um dann mit der Renovierung der oberen Etagen zu beginnen.

Das American Institute of Aeronautics & Astronautics (AIAA) hat das 1940 Air Terminal Museum zu einer historischen Stätte der Luft- und Raumfahrt erklärt. Das 1940 Air Terminal ist die 35. Stätte der Luft- und Raumfahrt, die von der AIAA als seltenes Beispiel klassischer Flughafenarchitektur im Art-déco-Stil anerkannt wurde. Im Februar 2010 wurde die Houston Aeronautical Heritage Society mit einem Good Brick Award für hervorragende Leistungen bei der Erhaltung des 1940 Air Terminal Museums ausgezeichnet. Die Good Brick Awards werden jährlich von der Greater Houston Preservation Alliance verliehen. Im Jahr 2008 erklärte die Houston Press das Terminal zum „Besten Stück Luftfahrtgeschichte“.

Im Jahr 2008 erhielt die HAHS eine Lizenz für den ältesten Hangar auf dem Gelände des Hobby Airport, einen Great Silver Fleet Maintenance Hangar von 1929. Die Organisation wird diesen Hangar nutzen, um größere Exponate aus der Sammlung auszustellen, z. B. zwei Simulatoren und die Flugzeugsammlung der HAHS, zu der ein Lockheed Lodestar Executive Businessliner von 1943 und ein S-58 Sikorsky Helicopter gehören, der für den zivilen Schwerlasttransport ausgerüstet war.