Die Abstammung der Flusspferde ist ein Rätsel. Lange Zeit glaubten Paläontologen, dass diese halb-aquatischen Tiere mit ihrer ungewöhnlichen Morphologie (Eck- und Schneidezähne mit kontinuierlichem Wachstum, primitiver Schädel und dreiblättriges Zahnabnutzungsmuster) mit der Familie Suidae verwandt sind, zu der auch Schweine und Pekaris gehören. In den 1990er und 2000er Jahren zeigten jedoch DNA-Vergleiche, dass die engsten lebenden Verwandten des Flusspferdes die Wale (Wale, Delfine usw.) sind, was den meisten paläontologischen Interpretationen widersprach. Darüber hinaus hat das Fehlen von Fossilien die Versuche, die Wahrheit über die Evolution der Flusspferde herauszufinden, erheblich behindert.

Neue paläontologische Arbeiten einer Gruppe französischer und kenianischer Forscher haben nun ergeben, dass Flusspferde nicht mit den Suoiden verwandt sind, sondern von einer anderen, inzwischen ausgestorbenen Gruppe abstammen. Die neu untersuchten Fossilien haben es ermöglicht, das erste evolutionäre Szenario zu entwerfen, das sowohl mit den genetischen als auch mit den paläontologischen Daten vereinbar ist. Durch die Analyse eines halben Kiefers und mehrerer Zähne, die in Lokone (im Turkana-Seebecken, Kenia) entdeckt wurden, beschrieb das französisch-kenianische Team eine neue fossile Art (die zu einer neuen Gattung gehört (2)), die auf etwa 28 Millionen Jahre zurückgeht. Sie nannten sie Epirigenys lokonensis, nach dem Wort „Epiri“, das in der Turkana-Sprache Flusspferd bedeutet, und dem Fundort Lokone.

Durch den Vergleich der Merkmale fossiler Zähne mit denen von Wiederkäuern, Suoiden, Flusspferden und fossilen Anthracotheren (einer ausgestorbenen Familie von Huftieren) rekonstruierten die Wissenschaftler die Beziehungen zwischen diesen Gruppen. Die Ergebnisse zeigen, dass Epirigenys eine Art evolutionärer Übergang zwischen dem ältesten bekannten Flusspferd im Fossilbericht (vor etwa 20 Millionen Jahren) und einer Anthracotheren-Linie bildet. Diese Position im Stammbaum des Lebens ist mit den genetischen Daten vereinbar und bestätigt, dass die Wale die engsten lebenden Cousins der Flusspferde sind.

Diese Art von Entdeckung könnte es den Wissenschaftlern eines Tages ermöglichen, ein Bild des gemeinsamen Vorfahren von Walen und Flusspferden zu zeichnen. In der Tat hat die Analyse von Epirigenys (28 Millionen Jahre alt) die heutigen Flusspferde mit einer Abstammungslinie von Anthracotheren in Verbindung gebracht, von denen die ältesten etwa 40 Millionen Jahre zurückreichen. Der früheste bekannte Vorfahre der Nilpferde ist jedoch etwa 20 Millionen Jahre alt, während die ersten Fossilien von Walen 53 Millionen Jahre alt sind. Die zeitliche Lücke zwischen den heutigen Flusspferden und den ältesten Walen ist damit nach heutigem Stand um fast 75 % geschlossen.

Außerdem zeigt diese Entdeckung die gesamte Geschichte der afrikanischen Fauna in einem neuen Licht. Afrika war von vor etwa 110 bis 18 Millionen Jahren ein isolierter Kontinent. Die meisten der bekannten afrikanischen Tierarten (Löwen, Leoparden, Nashörner, Büffel, Giraffen, Zebras usw.) sind erst vor relativ kurzer Zeit auf dem Kontinent eingetroffen (sie leben dort seit weniger als 20 Millionen Jahren). Bislang glaubte man, dass dies auch für Flusspferde gilt, doch die Entdeckung von Epirigenys zeigt, dass ihre anthrazitfarbenen Vorfahren vor etwa 35 Millionen Jahren von Asien nach Afrika eingewandert sind.